Deixe o do Lion em primeiro, ou o do Windows em primeiro e instale o Chameleon no segundo HD com a opção boot0md (use o Chameleon Wizard).
Configure as teclas modificadoras nas preferências do sistema, teclado. Por padrão copiar/colar é com command (tecla Windows).
Se o click com o botão do meio abrir o Mission Control, configure nas preferências para não fazer nada, vai passar a abrir links em nova aba.