Sim, o instalador do Clover grava no MBR, ou seja, vai substituir o setor de boot do Chameleon e entrar direto no Clover. O que você pode fazer é renomear o arquivo "boot" do Chameleon para boot1 e instalar o Clover com a opção "usar como opção de boot (PBR)", então quando quiser entrar no Chameleon basta apertar 1. Também pode usar o Clover para iniciar tanto o Mavericks quanto o Yosemite (melhor opção).
Não sei como trabalha o Kext Wizard, eu sempre instalo manualmente (chmod, chown, touch)
Acho que tanto o patch do Clover quanto o AICPMPatch funcionam no 10.10
http://clover-wiki.zetam.org/Configuration/KernelAndKextPatches#AsusAICPUPM