Faz boot verbose para ver as mensagens (aperta espaço no Clover que abre as opções).
Provavelmente você não instalou a FakeSMC, deve ficar "waiting for DSMOS", nunca aparece "DSMOS has arrived".
Se não for isso, posta uma foto da tela.
Não testei, me parece gambiarra
http://www.insanelymac.com/forum/files/file/521-usb-fix-for-el-capitan/
Eu investiria algum tempo para aplicar a solução apontada anteriormente.
Como as chaves Patches e KextsToPatch já existem você deve copiar apenas o conteúdo, não duplicar as chaves.
Tenta com o anexado. Não entendi o motivo, várias chaves no seu plist têm # na frente do nome.
config.plist.zip
Edita o config.plist do Clover e adiciona os patches deste arquivo
https://github.com/RehabMan/OS-X-USB-Inject-All/blob/master/config_patches.plist
Coloca a kext USBInjectAll em EFI/CLOVER/kexts/10.11
Se for exatamente igual a primeira imagem tenta a solução apresentada no próprio tópico
EHCI controller unable to take control from BIOS
AppleUSBEHCI: unable to obtain ownership
Ativar USB Ownership nas opções do Clover (menu PCI devices)
http://clover-wiki.zetam.org/Configuration/Devices#USB-/-FixOwnership
Acredito que não seja a segunda pois a imagem do 10.11 não tem a kext que causa esse problema.
Tenta esta para o teclado e trackpad
http://www.mediafire.com/download/ndtl43meomn/SL_PS2_Voodoo.zip
Para a LAN tenta esta, se funcionar será em 32 bit (arch=i386)
http://Olarila.com/files/10.5/LAN/SiS/SiS900/SiS900.kext.tar.gz
Edita no Info.plist
<key>IOPCIMatch</key>
<string>0x01911039</string>
Não sei o que pode ser. Se não tiver jeito no modo UEFI só resta instalar o Clover no modo legacy (desmarca a opção UEFI e marca boot0ss), nesse caso pode instalar na partição do OS X. Não sei se vai funcionar o dual boot com o Windows em UEFI, só testando.
Para aparecer essa opção você precisa fazer boot do pen drive no modo UEFI. Se não funcionar tenta atualizar o Clover, basta instalar novamente no pen drive marcando as opções "para placas mãe UEFI" e OsxAptioFixDrv (tem uma segunda opção caso não funcione com a primeira)
http://sourceforge.net/projects/cloverefiboot/
Não vai influenciar o boot do Windows contanto que você não mexa nos arquivos do Windows na partição EFI.