Olha, eu não uso, mas acho que o Time Machine não faz um espelho do sistema, mas salva apenas seus arquivos, aplicativos instalados e configurações.
Se quiser fazer uma cópia completa do sistema, pode usar CCC
http://www.bombich.com/
Mas posso estar errado, pois como disse, não uso.
Por que você não tenta fazer uma instalação limpa em outra partição ou HD externo e recupera esse backup nela, para ver se fica igual ao seu sistema atual?